乾隆五十一年（一七八六）龍山寺的遷建，由鹿港泉郊商賈日茂行林振嵩及士紳許樂三負責實際的籌建經營，此時龍山寺的規模雖未有資料記載，但以當時集合了泉州七郡縣人士、郊商及士紳等共同出資，遷建後的龍山寺應有前殿及正殿的建築。（註四）道光十一年（一八三一）「重修龍山寺記」碑文中提到：「…乾隆丙午，都閫府陳君邦光，始偕其郡人，改建今地，林君祖振嵩、許君樂三實經營之…」，印證龍山寺遷建於乾隆丙午年（即乾隆五十一年）。

龍山寺遷建之時，為了選擇佛寺清修之地，遠離了碼頭區及商業街區，由鹿港河港碼頭區（今大有街）遷建至鹿港街鎮的南方，古地名「港底」附近。此時龍山寺的寺前、寺後各有一座水池，正如「重修龍山寺記」碑文所提龍山寺「前後空潭映月」的清幽環境。

鹿港龍山寺遷建於乾隆五十一年（一七八六），同年又發生了林爽文事件，林爽文攻陷彰化縣城後，鹿港亦遭受攻擊；其時遷建工程必受影響。龍山寺遷建主事者林振嵩因母喪，於乾隆五十三年（一七八八）回泉州奔喪後，定居泉州，頤養天年，日茂行的經營由林振嵩三子林文濬接手。「重修龍山寺記」碑記載：「…厥後，林君封翁文濬鳩庀繕完，遇警中止…」， 此外，乾隆五十七年（一七九二）八月九日台灣中部發生強烈地震，造成六百餘人死亡，二萬五千多棟房舍嚴重損毀，使得剛遷建完成的龍山寺又得面臨修繕。

林文濬邀集地方士紳，募資重修龍山寺，並統籌重修事宜，而工程進行間，又遇乾隆六十年（一七九五）陳周全事件，鹿港再遭攻陷，鹿港同知署及遊擊署被焚，同知朱慧昌及遊擊曾紹龍雙雙殉職，龍山寺的修繕因兵燹而暫告中止。此次的修繕何時完成，未有史料記載，但從龍山寺前埕花圃中的一對嘉慶三年（一七九八）的石獅，應可研判為此次修繕工程完成的年份。

鹿港龍山寺自乾隆五十一年（一七八六）開始遷建，歷經十餘年間兵禍與天災的遲延與毀壞，終於在多次陸續修繕後，於嘉慶年間（一七九八）完備了初步之規模。