佛教的三世佛係指東方淨琉璃世界的藥師佛、娑婆世界的釋迦牟尼佛、西方極樂世界的阿彌陀佛。

阿彌陀佛是西方極樂世界的教主，「阿彌陀」是「無量光」、「無量壽」的意思，所以阿彌陀佛又稱「無量光佛」、「無量壽佛」，民間信仰認為「無量壽佛」可以接引念佛之人前往西方淨土，所以又稱為「接引佛」。

日治時期，原台灣的佛寺均被強納為屬於日本淨土宗或淨土真宗佛寺的分寺，其主神均供奉自日本的立姿阿彌陀佛像。明治三十六年（一九○三）鹿港龍山寺成為日本真宗本派本願寺的分寺後，明治三十八年（一九○五）自京都本願寺大本山運送御授木雕阿彌陀佛像，此尊阿彌陀佛像為立姿，後方有太陽的光芒，為日本佛像的特色之一。神龕的造型為「唐博風」風格，神龕的屋頂斗栱，層層出挑，外觀彷佛一座小型的佛寺。

民國五十一年，重塑觀音菩薩佛像完成，復祀安座於龍山寺正殿，本願寺御授阿彌陀佛像，移至後殿供奉。

龍山寺後殿龍邊供奉藥師佛，藥師佛為東方琉璃世界的教主，又稱藥師琉璃光佛，《藥師經》中提及藥師佛曾發十二誓願，幫助眾生解除一切痛苦。後殿兩旁供奉藥師佛及地藏王菩薩，每天晨昏均有齋姑聚集於此誦經禮佛，逢佛誕、慶典更為盛況，梵音唄聲，不絕於耳，故有鹿港八景之一「龍山聽唄」之美譽。

龍山寺後殿供桌前，由信徒迎奉釋迦牟尼佛，左右脅侍分別為文殊菩薩、普賢菩薩。左脅侍文殊菩薩專司「智慧」，坐騎為一青獅，表示威猛，能降伏一切邪魔。右脅侍普賢菩薩專司「理德」，坐騎為一六牙白象，表示大慈善心。