民國八十八年九月廿一日凌晨，台灣發生以南投縣集集為震央的七‧三級大地震，全台震動，不惟造成災區人民重大傷亡以及財產、房屋、道路之破壞，更嚴重損及全國多處歷史古蹟文物。其中尤以接近震央之中台灣受害為甚；包含鹿港龍山寺在內之多處國家保護古蹟亦在其中。

九二一地震後，鹿港龍山寺的建築受損情況包括：山門構架變形、木柱位移、屋頂傾斜，五門戲台及拜殿木柱位移，正殿屋脊及燕尾斷裂、山牆龜裂傾斜，後殿牆壁坍塌。經後續檢測調查後，並發現正拜殿木構架有腐朽及白蟻情形、 屋瓦填縫灰漿風化嚴重，且山門、 五門戲台 屋頂有嚴重漏水現象等，整體架構損害嚴重；雖寺內祀奉諸佛像倖皆完存，但梁柱門牆之雕畫及多項工藝文物亦遭受相當程度之損壞，亟待修復。

政府對做為國家一級古蹟之鹿港龍山寺災損非常重視，計畫由中央劃撥預算經費，出資修復。內政部率先補助彰化縣政府新台幣一千九百四十九萬元，辦理「正后殿緊急搭設保護鋼棚架工程」、「整體修復執行計畫」之委託設計、監造案，彰化縣政府做為地方主管機關，除協助寺方管理委員會迅速採取緊急搶救措施外，並依當時「文化資產保存法」之規定，陸續提報搶修計劃、重建計劃等，送中央備查。八十九年元月，修復工程之設計監造由符宏仁建築師事務所得標。經多次會勘現場後提出修復計劃設計書圖，不含各殿彩繪及水電工程，原設計工程費估計為新台幣八千三百多萬元；經內政部審查修正，第一次同意緊急搶修工程費三千多萬元，第二次審查則視實際需要修正再增為近七千萬元。

八十九年八月間，為讓地方更有參與感，內政部安排在鹿港龍山寺舉辦震後災損修復工程說明會，邀請學者專家及負責設計監造的符宏仁建築師，前來講解修復目標與原則。會中地方各界反應，咸希望利用這機會做大規模整修。於是尊重地方人士意見變更設計，經由建築師再次修正書圖，以「鹿港龍山寺九二一震後災損暨整體修護執行計劃」為主題設計，估計工程費增加至一億五千多萬元，報經內政部審查委員會審核通過，準備進行整體發包作業。

八十九年間，距震災損害發生已逾一年，修復工程仍在計劃審核調整與招標階段。寺內遭損之殿廊，仍以木柱支撐樑架，用塑膠布和沙包覆蓋屋頂龜裂，做臨時性的保護。因為係首度依文資法實施之重大文化工程，官民皆缺乏相關的決策與執行經驗，效率與品質欠佳，復因政府預算之招標採購支用等程序繫絆繁複，難以因應古蹟修復工程在品質、文化保存專業與美學上等等的諸多獨特考量。

總部設於彰化境內之國際知名企業寶成國際集團，總裁蔡其瑞先生及董事長蔡其建先生昆仲，於八十九年九月間，與前來視察修復工程並與地方人士座談的內政部張博雅部長，表達依文資法出資贊助修復鹿港龍山寺之意願；張部長欣然協議，並允諾全力協助解決資助工程的法令及程序作業問題。

有鑑於民間企業的熱誠，並期以民間主導執行，跨越政府採購程序之藩籬扦挌，更期以注入企業資金，補鉅大規模修復工程所需之不足；經內政部、文建會、彰化縣政府、修復計畫委員會、龍山寺管委會及民間企業多番折衝研議協調下，決定鹿港龍山寺修復工程經費由寶成國際集團旗下「裕元教育基金會」負責完全籌措捐資，出資企業只出錢，修復工程書圖及施工監造仍依內政部審定計畫，仍由政府主管機構負責。並由龍山寺管委會代表寺方，與政府一同授權裕元基金會，續組成「鹿港龍山寺修復工程委員會」，全權負責整體修復工程之執行。

自民國九十年二月開始，執行主體修復工程計畫。全程所花經費，計超過新台幣二億三千萬元；為台灣有史以來耗資最鉅之古蹟修復工程。寶成企業蔡氏兄弟以愛鄉重土之情，不惜以鉅資資助國家文化資產修復，回饋社會，成為民間企業參與古蹟修復的首件案例，廣為全國各界重視及稱頌。

鹿港龍山寺修復工程委員會成員包括 產、官、學、民 等各界代表，每三至四個月定期召開會議，研討修復工程進度與配合作業，也對修復工程做相關建議，供政府與設計監造單位參考，全程計共召開二十四次定期會及兩次臨時會；另由監督單位彰化縣文化局每兩週召開工地會議計六十餘次，就工程施作中的相關問題，提出溝通與協商。

捐資企業寶成集團，主動捐資鹿港龍山寺修復，皆以最好品質要求，不計經費上限。除由蔡其建董事長親任修復工程委員會主委，竭盡心力外，蔡氏昆仲幾乎每週會來鹿港龍山寺工地現場一次，志誠令人感佩。修復過程中更廣受各界關心，歷任國家元首陳水扁總統、馬總統、呂秀蓮副總統、蕭萬長副總統，行政院、內政部、文建會、彰化縣政府等機關單位首長，屢次蒞臨龍山寺關心修復工程；包含中央研究院、各博物館、多所國立大學研究所及各學術單位、文史團隊、學者與文化界、企業界意見領袖也常來關心。

本修復工程除技術專業複雜外，另一特殊之處，在由於產官學界以及信眾、地方文史及社區工作者之高度關注；來自文化、學術、宗教民俗、與特殊考量之各種意見多元分歧，修復工程委員會連同出資之寶成企業，不惟須彙整協調各方之意見與建議，求取共識，形成可資依據的決策；更必須承擔各種批評責難與壓力，貫徹使命，持續修復工程之順利進展。鹿港龍山寺修復工程不惟因其規模與耗資龐大創空前紀錄，更因其首創台灣重大公共文化工程政策的公眾參與及討論模式，於台灣的文化史上，留下不可磨滅的重要功績。

在聽取各界意見下，修復委員會除主持修復工程施作，更額外指派專人，進行修復工程期間之寺內文物維安保全作業，並嚴格監工，注意要求品質。工程因由民間捐資並全權負責執行辦理之彈性，以及修復委員會之妥善籌劃，採購招標及發包程序先由學者專家參與，就廠商的資格、施工企劃評審，選定最優廠商，不以最低價發包；也不採用統包，以免影響品質。此外寶成企業更為修復樑柱所需之之特級品材木，額外出資並協助進行海外特別採購，務求三百年國寶古寺之最高修復工程品質。

修復工程施作中，除搭建臨時行宮，暫奉觀音菩薩及諸佛像供信徒祭祀參拜，更以網格狀鐵絲替代鐵皮搭設安全圍籬，盡可能開放安全適宜空間，讓民眾了解修復工程情況。特別在正殿、後殿保護鋼棚架內，架設天橋走道，讓遊客及對古蹟修復有興趣的人，可走在天橋上，鳥瞰修復現場，聽取修復工程解說；是國內古蹟修復的創舉。

鹿港龍山寺修復工程的公開化，吸引不少學者專家及學生前來參觀、觀摩、專題研究或教學。七年多的修復過程中，大專院校相關科系師生，到龍山寺進行教學研究的不計其數；也有國外古蹟修復學者到現場參觀，平面及電子媒體更多次就龍山寺之修復製作專題報導刊播。為使修復過程讓民眾了解，修復工程委員會連同建築師分別舉辦多次施工說明會，並將施工過程，包括材料、匠師、工法等，階段性以大型看板展示，頗受好評。

此外，聽取地方說明會中文史工作者之建議，修復委員會更徵得捐資企業同意，額外編列經費，增聘專人於前後七年餘之修復期間內，以影像記錄，協助監督工程施做，並進行修復全程及諸項細部之完整記錄。竣工後已順利製作為記錄影片，並將相關文字圖檔等彙編為修復工程全記錄專書。修復工程全記錄專書分上下二鉅冊共千頁，二十五萬餘字，圖片兩千餘禎；紀錄片毛片全長近一萬小時，製作為片長二小時三十分之數位高畫質影片。

九十七年九月，修復工程竣工。十一月一日，由彰化縣政府主辦，於修復落成後之鹿港龍山寺，盛大舉辦「鹿港龍山寺九二一震後災損暨整體修復工程」竣工典禮。上午十時由馬英九總統，率同文建會黃碧端主委、彰化縣卓伯源縣長、寶成集團蔡其瑞總裁、修復工程委員會蔡其建主委、裕元教育基金會林源朗董事長、龍山寺管理委員會施輝雄主委等貴賓及修復主事有功人員一同，為竣工復成之鹿港龍山寺落綵、向正殿觀音菩薩上香祈福。