光緒二十年（一八九四）甲午戰爭，清廷戰敗，翌年，簽訂馬關條約，割讓台灣及澎湖諸島，台灣成為日本的殖民地。

明治二十八年（一八九五），日軍攻台，自北台灣登陸，陸續掃平各地抗日義軍，年中八月間發生彰化八卦山戰役，至該年十月全台已在日本有效統治之下。位於要鎮鹿港郊區之龍山寺，一度為日軍徵為營房，駐紮軍隊。明治二十九年（一八九六）八月，從軍佈教使佐佐木一道隨軍隊至台灣鹿港，對地方展開日本佛教之佈教工作。

明治三十年（一八九七）二月，從軍佈教使佐佐木一道在龍山寺內創立敬愛學校，由佐佐木開教使擔任國語（日語）教師，並聘鹿港秀才鄭鴻猷、鄭玉田教授漢學，初期僅有三十五名學生入學。隔年，鄭氏之父鄭鴻猷亦受聘擔任漢學教員，鄭鴻猷為前清秀才，書法墨跡聞名全台。

明治三十一年（一八九八），日僧光明智曉和尚自嘉義轉任鹿港主持佈教所，並擔任敬愛學校校長佐佐木一道的助理，明治三十二年（一八九九）八月，佐佐木氏調回日本，由光明智曉接任校長一職，同年十一月得到台中縣知事木下周一的認可，龍山寺內的敬愛學校修業科目改與公學校（今國民小學）相同，修業年限為六年。明治三十四年一月並開設夜間部學校，明治三十五年增設女子部，供女學生就讀。

明治三十七年（一九○四）一月調查，龍山寺內的敬愛學校在籍學生一百六十七名，男一百四十五名，女二十二名，職員有光明智曉夫妻、鄭氏父子及曾荷珍等五名。日後，因公學校的設立愈來愈普及，敬愛學校於是終止招生，改為日曜學校（假日學校），招生授課至昭和十四年（一九三九）止。

明治三十一年（一八九八）三月，佐佐木一道與鹿港街長黃如泉交涉，將鹿港龍山寺的後堂（後殿）永久借給日方使用，並簽訂合約書。三月下旬，由本願寺花費三百六十四圓購買設備，五月將佈教所由天后宮遷移至龍山寺後堂（後殿），原駐守在龍山寺的日軍則移防至台中，其時鹿港地方官衙尚有鹿港辨務署、國語傳習所與稅關，而日本商人亦有相當的人數。

明治三十一年（一八九八）八月，日本佛教淨土宗本願寺派教師光明智曉和尚，自嘉義轉任鹿港主持佈教所。光明智曉向龍山寺的住持林文蓮，信徒總代莊士哲、黃如泉、施至安、施來等人，提議將龍山寺改成為日本真宗派本願寺的分寺，但因日本曹洞宗派的抗議而暫緩。