二次大戰後，日治終結，台灣重歸國土，鹿港龍山寺於美軍轟炸中倖存無損；龍山寺由信徒接手管理，仍復舊名，再度成為常民文化的祭祀及宗教信仰的中心。

國民政府來台初期，軍隊進駐龍山寺，曾將兩廂廊做為臨時的駐軍場所，據耆老口述得知：「軍隊的裝甲車輛由三民路經側門駛入龍山寺前埕，壓壞了前埕的石材，軍隊借用約年餘，才撤出龍山寺。而兩廂廊隨即成為鹿港中學教師的臨時宿舍，直到鹿港中學宿舍蓋好後，才遷出龍山寺」。

民國三十六年龍山寺捐獻五甲水田，充做鹿港初級中學（鹿港國中）創校經費。民國四十一年龍山寺創辦免費國語文及珠算短期補習班，由吳孟津擔任主任兼教授珠算，張禮崇教國文，施秋山教簿記，共舉辦三期，每期四個月。

民國四十六年龍山寺管理人黃秋與吳紀玉雪、王金珠、黃施丙、李月娥等人發起重修，由信徒自發性的捐款，民國四十七年至四十九年間，聘請鹿港彩繪匠師郭新林施做彩繪。民國四十七年完成正殿彩繪後，接著施做拜殿彩繪，由於當時龍山寺尚未組織管理委員會，修護經費非常拮据，後殿即因經費不足而未施做彩繪，後由新林師繪製哼哈二將門神，也因此，後殿除了門神及門楣有彩繪外，其餘木構件均只髹漆而已。

日治時期，龍山寺已有完整之信徒組織，日治結束後，日本和尚住持隨日治政府遷離，信徒接手管理寺務。民國四十九年龍山寺成立「鹿港龍山寺管理委員會」，由陳壽昌擔任第一任主任委員。