拜殿的建築是正殿祭祀空間的延伸，是信徒準備禮佛的場所。龍山寺拜殿的前簷柱有咸豐二年（一八五二）的楹聯落款，木雕上方有「咸豐通寶」的落款，由此可明確研判拜殿的建築為咸豐年間所興建。拜殿的台基離地面約三尺高，由於台基幾與正殿同高，且拜殿的屋頂與正殿相連，遮蓋了正殿重簷歇山式的屋頂，此設計雖然減損了正殿規模宏偉的氣勢，卻也營造出莊嚴肅穆的氛圍。拜殿前的中埕兩旁，種植有兩棵百年老榕樹，榕樹的種植，在視覺上有效地把院落的尺度縮小，搭配兩側廂廊，使中埕的空間設計，有更為深邃的加乘效果。

拜殿為三開間的建築格局，屋頂木架構建築為二通二瓜捲棚式造型，螭虎及象鼻的斗栱及瘦長型的瓜筒造型，皆為泉州匠派的工法。殿宇共有八根木柱，後排木柱與正殿的木架構互相連結。拜殿的屋頂與正殿相接處，有一座龜背造型的暗厝設計，此做法與戲台、五門殿的屋頂相同。龜背的設計有利於雨水迅速的往兩邊排出，而不致於積水。屋頂兩側山牆採馬背的作法，其造型有四個銳角，為火字型的馬背造型。

拜殿的前簷柱斗栱出挑深遠，內簷斗栱與捲棚結構有良好的配合，為目前台灣保存清咸豐時期木結構的佳作之一。拜殿前簷柱上方的橫樑，有一根長達十四公尺的福州杉，為龍山寺的木材之最，此木材為咸豐年間重修時，以船隻由福建將其載運來台。