後殿於大正十年（一九二一）遭回祿之災後，於昭和十一年至十三年（一九三六至一九三八）進行重建。後殿建築為單簷硬山式，殿宇面寬五開間，進深三間，殿內碩大的樑枋採三通五瓜的木架構，由於時值日治時期，台灣山區的木材已開採，所以後殿大量使用台灣檜木。後殿的大木架構由鹿港匠師黃神通施做，棟架雕刻為鹿港匠師施金福的作品，昭和十三年（一九三八）十二月完成重建工程。

後殿的門屏為鹿港木雕李煥美、李松林等匠師所雕刻，門屏設計頗為實用，每個門扇皆可開啟，當寺方舉行慶典時，開敞的門屏方便信士的進出。前步口有一對龍柱，為蔣馨的女婿張金山所承製，龍柱造型為日治時期的風格，當時因航運不便，所以採用台灣的觀音石。後殿前步口開有二扇拱門與兩廂房聯接。日治時期，此廂房為日本住持居住的空間。