佛教自中國東傳日本至明清已千年，因不同之語言文化及宗教習俗，早自演化出不同於中華佛教之宗派。日本佛教派僧人擔任從軍佈教使來台，除為日本軍人提供宗教服務外，亦具有對台灣民間推廣日本文化宗教信仰之目的。

日本佛教並不將台灣民間原有之佛教信仰視為同教，而視為未開化之舊社會陋教，更挾殖民統治威權，欲以日本佛教宗派取代之。

明治三十六年（一九○三）八月，龍山寺第十二代住持林文蓮逝世，林文蓮臨終前將寺印、僧印、田契託付光明智曉，在向阿彌陀佛畫像合掌念佛十餘聲後，瞑目圓寂，享年四十二歲，為鹿港龍山寺之末代住持。

明治三十七年（一九○四）四月十二日，日本真宗本願寺承認鹿港龍山寺為本願寺的分寺，並廢除原龍山寺之名，同年八月九日獲得台灣總督兒玉源太郎發給許可證明。

至此，鹿港龍山寺正式遭廢，連同奉祀主神觀音菩薩等神像皆被移除，變為奉祀阿彌陀佛的日本真宗本願寺分寺，寺方的財產也一併被侵奪移轉，改由日本光明智曉教師兼任龍山寺住持來管理。