| 時期 | 大事記要 |
| 明治30年 1897年 | 日本佈教使佐佐木一道與鹿港街長黃如泉協議借貸龍山寺後殿，並設立敬愛學校。 |
| 明治31年 1898年 | 佈教使光明智曉由嘉義轉任鹿港，同年8月龍山寺住持林文蓮及信徒總代莊士哲、黃如泉、施至安及施來等人同意龍山寺成為本願寺分寺並立誓書，後因曹洞宗派反對而暫緩。 |
| 明治36年 1903年 | 龍山寺住持林文蓮8月逝世，生前將龍山寺之寺印、僧印、田契交由光明智曉管理。 |
| 明治37年 1904年 | 4月12日龍山寺正式成為日本真宗本願寺分寺，同年8月9日獲得台灣總督兒玉源太郎的許可。 |
| 明治38年 1905年 | 11月1日日本本願寺御授阿彌陀佛像，並募款準備改築正殿，辜顯榮率先捐款五百圓。 |
| 明治39年 1906年 | 重修正殿，供奉日本御授佛像，並將台灣人所祭祀的觀音菩薩等神像移至後殿。 |
| 大正10年 1921年 | 11月5日亥時，後殿發生火災，建物及神像文物焚毀殆盡，僅倖存伏虎尊者、觀音底座及手部石雕，1973年移至鹿港民俗文物館收藏。 |
| 昭和3年 1928年 | 信徒代表辜顯榮、陳懷澄等發起重刻觀音菩薩神像及十八羅漢神像，神像供奉於虎邊廂廊。 |
| 昭和10年 1935年 | 4月21日台灣中部發生大地震，鹿港龍山寺再度受損，管理人黃秋及地方人士發起重修，並計劃重建後殿。 |
| 昭和11年 1936年 | 11月動工重建後殿，由大木匠師為黃神通，小木匠師為施金福。 |
| 昭和13年 1938年 | 後殿重建完成，續修五門殿、正殿、後殿的神龕修繕及木雕門屏，由李松林、李棟樑等人施做。五門殿兩側的石雕，由張金山主其事。 |
| 昭和13年 1938年 | 修建完成，管理人辜顯榮等立「法海慈航」匾。 |
