在日本官方主導下，鹿港龍山寺自明治三十六年八月起計畫寺廟的修繕而開始對外募款。募款的金額來自台北、台中、斗六、彰化各廳善款。

明治三十八年（一九○五），日本本願寺御授阿彌陀佛佛像送至鹿港龍山寺安座。明治三十九年一月，日本人為修繕正殿神龕做為御授佛像的供奉位置，由棟梁堀土三郎、伊藤增太郎等人，申請改築龍山寺，並獲日本政府核准。此次的工程，將原本台灣民眾所供奉的觀音像自正殿遷出，將御授阿彌陀佛像供奉於正殿，室內地坪則舖設約二尺高的木地板，做為日本和尚禮佛之處。

明治三十九年（一九○六），在殖民統治威權下，龍山寺改祀阿彌陀佛，至此已長達一百二十年的奉祀觀音菩薩信仰幾乎中斷，此後台灣民眾信士不能再進入正殿禮佛，觀音菩薩及其他諸神一度迫遷出寺，鹿港民意譁然。幸經地方人士林普海（莊德佛堂住持）將佛像暫移至港底齋堂供奉。後來經由地方人士的爭取，幾經協調再將觀音菩薩等佛像移至後殿供奉。