五門殿的牆面裝飾原為交趾陶，昭和十三年（一九三八）重修時，改為石雕作品，當時由張金山所承包，由於時值中日戰爭，大陸石材取得不易，所以石雕的材料以台灣北部的觀音石材為主。五門殿的觀音石雕包含龍、虎堵、四大天王、博古花卉，作品生動雅緻，但觀音石質地疏鬆，雖較泉州石容易雕刻，也易於風化，目前四大天王及腰堵的花鳥圖案等石雕，經長期風化，受損甚為嚴重。

五門殿兩旁的龍虎翼廊可以欣賞到「四大天王」石雕。四大天王為古印度須彌山的四大護法，民間俗稱「四大金剛」。佛經中的四大天王分別為東方「持國天王」手執琵琶，「持國」之意為慈悲為懷，保護眾生，是為樂神，以音樂感化眾生皈依佛教。南方「增長天王」手執寶劍，「增長」指能傳令眾生，具增長善根，護持佛法之意。西方「廣目天王」手持小龍，「廣目」意為能以淨天眼觀察世界，護持人民。北方「多聞天王」手持寶傘，「多聞」比喻福德之名聞於四方，其手持寶傘用以制服魔眾，保護人民財富。

清翟灝《通俗編》謂：「四大天王各持一物，執劍者，風也；執琵琶者，調也；執傘者，雨也；執龍者，順也」。四大天王代表著「風、調、雨、順」，又有「五穀豐收，天下太平」的涵意。

中國自古即有「左青龍、右白虎、前朱雀、後玄武」的風水觀念，台灣寺廟的雕刻題材，亦以神明方位的左邊牆面雕龍，右邊牆面刻虎，以符合五行風水的觀念。

五門殿兩旁的龍、虎堵石雕，均採深浮雕方式，龍堵的石雕構圖中，龍在空中騰雲駕霧，下方雕飾有二隻鯉魚，並以岩石做成禹門的造型，象徵「魚躍龍門」。雲龍的下方有一人物做降龍狀，即佛教十八羅漢中的「降龍尊者」，其衣服著有青色的顏料，也符合了五行的色彩。虎堵的石雕，老虎由山稜縱躍而下，回首凝視身邊的小老虎，旁邊的松樹隨風搖曳，有「虎嘯生風」之勢，而在左上方有一人物做伏虎狀，此人為「伏虎尊者」。佛教原有十六羅漢，在漢化後，再加上降龍與伏虎羅漢，是為十八羅漢。

麒麟為傳統祥瑞動物，公曰麒，母曰麟。《說文》：「麒，仁獸也，麋身、牛尾、一角；　，牝麒也」，說明了麒的母型是由鹿所演變而來。在漢代畫像中，麒麟為鹿的造型，差別在於麒麟為獨角走獸。經過歷代的變化，到了明代，即是我們現在所看到的麒麟造型。明史中記載：「明成祖永樂十三年（一四一五）西域使者進貢，獻上一隻長頸鹿，曰之：麒麟」。

龍山寺的麒麟石雕位於五門殿兩側裙堵，其材質為泉州石，龍邊為公麒，虎邊為母麟，此石雕為道光十一年（一八三一）重修時的作品風格。這對麒麟的造型為龍首、鱗身、馬蹄、牛尾。龍邊的公麒腳踏書、畫，虎邊的母麟腳踏葫蘆及元寶，母麟的造型長有鬍鬚，為匠心獨韻的創作。

「博古」一詞源自於宋徽宗年間（一一一九至一一二五）王黼等人奉旨編撰「宣和博古圖」共三十卷，並將宣和殿所典藏之古銅器加以整理，後世即以吉祥的物品稱之為「博古」。

五門殿身堵的博古石雕採深浮雕，分別代表「香、花、燈（茶）、果」，為禮佛時的四種基本物品。龍邊博古圖騰中香爐的左上方有一隻蝙蝠，象徵「福」，左下角有一顆桃子，象徵「壽」，香爐取其諧音為「祿」，整體造型象徵「福祿壽」。香爐的爐蓋有一隻動物，名為「狻猊」，其性好煙，故置於香爐上，是龍生九子之一。博古架上燈座上掛有龍頭魚尾的燈籠造型，象徵「獨佔鰲頭」。虎邊的博古圖騰雕刻牡丹、花瓶及案桌，代表「富貴平安」，旁邊有「南瓜、石榴、佛手柑」，代表「多子多孫多福」之意。

五門殿正門的入口處有一對造型碩大的石鼓，石鼓採用泉州石材，石鼓與大門的門臼是一體成形，其主要的功用為鞏固門柱及門扇之用。石鼓下方有二個童子造型，一拿蓮花，一拿芭蕉，在裝飾的圖騰上，其象徵的涵意為「連招貴子」。

五門殿次間門前的石箱，又稱「石門枕」，其功能與石鼓相同。石箱所使用的材質為福建惠安縣玉昌湖的青斗石，此種石材質地細密，紋理清晰，呈現墨綠色澤，為閩南地區上等的石材。龍邊次間的石箱正面刻有「龍馬負河圖、神龜背洛書」虎邊次間的石箱正面刻有「香花燈果」，石箱的側面則雕刻有硬團螭虎、軟團螭虎及鶴啣靈芝等吉祥圖案，是龍山寺石雕藝術的經典之作。

馬櫃台裝飾是龍山寺建築基座的特色之一，五門殿兩旁磚柱下方馬櫃台的石雕，更具風格。龍邊雕飾民間所傳說的「三腳蟾蜍」，圖中蟾蜍口吐一團雲煙，隱約可看到一座宮殿的型廓，代表「蟾宮」，古人即以「蟾宮」代表月宮，「登蟾宮」即有「金榜題名」之意。虎邊則雕飾螃蟹，螃蟹的前螯鉗住一支筆，古人以螃蟹代表「科甲高中」的涵意，最外側的馬櫃台腳下的石雕為香爐，則代表「香火綿延」。