龍山寺成為本願寺分寺後，正殿供奉的主神為日本本願寺御授阿彌陀佛，挾侍神為見信大師、明如上人、聖德太子、七高僧之畫像，此尊阿彌陀佛像原供奉在大阪已有數百年的歷史。

後殿則為台灣人民所供奉的神祇，據大正十三年（一九二四）《寺廟臺帳》記載，龍山寺所奉祀的佛像及神尊計有：「觀音（塑像）、觀音立像（石雕立像）、羅漢（塑像）、韋陀天（木像）、堅牟地（木像）、北極大帝、劍印二官、龜蛇、風神、龍王、童男童女、註生娘娘、境主公、四大金剛（畫像）、風神龍神從官（塑像四尊）、及境主公從官（木像二尊）」。

龍山寺成為本願寺分寺後，雖由日本和尚住持，但民間仍有管理人組織制度，當時龍山寺檀越信徒總代共有三任：第一任辜顯榮、第二任莊士哲、第三任黃秋。