民國六十一年，山門的外埕新建一座九龍池，後來因不符合傳統型制，且破壞龍山寺的景觀，民國七十二年將其拆除。民國六十三年寺方重修兩廂廊，邀請東海大學教授漢寶德主持規畫，講師孫全文協助執行，由彰化縣長吳榮興主持動工儀式，民國六十七年五月完成兩廂廊重修工程。此次重修時，在虎邊廂廊的地基發現道光十一年（一八三一）「泉、廈郊商船戶捐題緣金」碑及「重修龍山寺捐題緣金」碑，為龍山寺珍貴文獻史料。

民國六十七年由鹿港士紳辜偉甫、黃奕鎮等人發起成立「鹿港文物維護及地方發展促進會」，邀請知名文化藝術學者、建築師漢寶德教授主持龍山寺的研究，調查龍山寺的歷史沿革及建築特色，民國六十九年完成《鹿港龍山寺之研究》一書。民國七十二年十二月八日鹿港龍山寺獲內政部指定為首批之國家第一級古蹟，其建築格局、裝飾藝術、保存狀況，備受各界重視。