龍山寺現存最早的彩繪，為正殿正脊樑的太極圖及四支點金柱的龍鳳圖案彩繪，應為道光、咸豐年間的作品。正殿的正脊樑於民國七十五年重修時抽換，目前置於右廂廊供民眾參觀，正殿點金柱的龍紋彩繪，仍保存完整，唯受煙薰而略模糊。道光十一年（一八三一）「泉廈郊商船戶捐題緣金碑」即提到，重修時油漆金料師傅工資花費九九二．八元，約佔總工程費用四六四二．四元之二十一％。

彩繪的目的除了塗裝美觀外，主要在於保護木材。龍山寺位於屋簷下的彩繪即因受日曬雨淋，因此彩繪的保存更屬不易。龍山寺現存的彩繪除正殿內的點金柱彩繪為道光、咸豐時期的作品外，其餘均為民國五十年代鹿港彩繪匠師郭新林的作品。

民國四十六年龍山寺準備重修，民國四十七年聘請郭新林施做正殿彩繪，民國四十八年續做拜殿，部份枋心的書法，由郭新林親邀鹿港書法家黃天素與歐陽錦華等人至龍山寺揮毫，民國四十九年繪製後殿門神彩繪，民國五十二年施做五門殿門神彩繪，民國五十三年完成八卦藻井彩繪。龍山寺的彩繪為郭新林耗時七年所完成的作品，是龍山寺重要的文化資產。目前正殿及八卦藻井的彩繪保存相當完整，五門殿前步口與拜殿的彩繪因受日曬影響，受損較為嚴重。

龍山寺共有九對門神彩繪，為民國四十七年至五十三年間，由郭新林率其子侄郭竹波、郭佛賜所施做，皆為郭新林嘔心瀝血的鉅作，其門神的型態特色為鳳眼、蒜鼻、柳眉、豐腴的臉部與特殊的手印，皆傳承唐宋人物的古風，不僅展現出郭新林的精湛匠藝，更蘊含其豐厚的美學素養。

五門殿的彩繪施做時間為民國五十二年至五十三年，五門殿共計有五對門神的彩繪作品，正門為「韋馱、伽藍」門神，其容貌、飾物、服裝等有別於一般所見之「韋馱、伽藍」。次間門神為佛教的「四大天王」，分別為「持國天王、增長天王、廣目天王、多聞天王」。

兩旁拱門門神，龍邊門神為太監造型，一位手執如意，捧官帽，另一位手持鹿，象徵「加冠晉祿」。虎邊門神則為文官，手持牡丹花和爵杯，有「富貴進爵」涵意。