自明治三十九年（一九○六）日本光明智曉和尚將正殿改供奉御授阿彌陀佛後，後殿則成為台灣信士供奉觀音菩薩的空間，日人對寺廟的管理僅以正殿為主，供信士自由參拜。

大正十年（一九二一）十一月五日，光明智曉和尚在巡視正殿後，晚間九時即先行就寢，不多時，後殿疑因參拜者不慎，引起火災，幸經地方巡查及壯丁團全力的協助，火勢於十一時撲滅。龍邊廂房未受波及，目前尚存有咸豐十一年（一八六一）的書法於木屏上。後殿、虎邊廂房的建築物及神像付之一炬。

後殿內供奉的觀音塑像、觀音石像、龍神、風神、天官、童子、十七尊羅漢（伏虎尊者像倖存）等三十九尊神像及佛龕、什器均遭損毀，時估總計損失約日幣五千圓，但包含主祀諸佛像在內的百年文物毀於一夕之間，實質損失之大非能計算。

同年十一月六、七、八三日，將數十軀神佛的殘燼，移至海邊舉行送神儀式。僅存的伏虎尊者像及石雕觀音像下半身、手部、蓮花石座，分別妥善保存。殘存的觀音石像由士紳林普海將其安放在莊德堂內，民國六十二年鹿港民俗文物館成立時，由林普海之孫林清淵將石雕觀音像提供給該館典藏展示，觀音像底座的蓮花石雕，目前由龍山寺保管。

昭和三年（一九二八）二月鹿港龍山寺信徒代表辜顯榮、陳懷澄及地方士紳發起重新雕塑已遭焚毀的十八羅漢像（伏虎尊者除外），禮聘田中匠師蔡阿伯雕塑，其神像的風格亦採福州式的型態表現。新塑觀音及羅漢佛像完成後，由於後殿焚毀未建，安座奉祀於虎邊廂廊。