日治時期，真宗本願寺共派二位住持管理鹿港龍山寺，第一任住持為光明智曉，日本新潟縣人，明治三十七年（一九○四）九月十二日就任，昭和十四年（一九三九）十一月十七日死於任內。第二任住持渡邊正信，日本長崎縣北高來郡人，昭和十五年（一九四○年）五月一日接管龍山寺，至昭和二十年（一九四五）台灣光復為止。

第一任住持光明智曉接掌龍山寺長達三十五年 (一九○四至一九三九年)，其妻兒均居住在龍山寺後殿左廂房。光明智曉在鹿港耆老的眼中，常被認為是一位酒肉和尚，實際上光明智曉不但「和歌」（日本文學，別名「短歌」）的造詣高，漢學的根基也相當深固，鹿港詩人施家本「和歌」的素養，即是受光明智曉的指導。日治時期居住在鹿港的日本人，在光明智曉的領導下，成立一個「歌會」，就如同我們的詩社一樣，定期於龍山寺集會，吟詩歌詠一番。

第二任住持渡邊正信擔任龍山寺住持五年(一九四○至一九四五年)，其妻兒等家眷亦居住在龍山寺內，渡邊正信之子渡邊瑞世，其女渡邊洋子，幼年曾以龍山寺為家，渡邊瑞世目前擔任日本佛教團真言宗鹿島布教所之事務長，數年前曾再回到鹿港龍山寺參觀，追憶兒時情景。

明治三十一年（一八九八）九月二十日夜，約有五十名匪賊襲擊福興街及和興街民家，交戰中，鹿港巡查日人內山義壽戰死。明治三十二年（一八九九）鹿港辨務署署長矢矧昇二為紀念遭殺害之日警內山義壽、阿比留二郎，於龍山寺前埕（龍邊花圃內），設置一座大型紀念石碑。由《寺廟臺帳》圖示得知，墓碑四週以筒狀的鑄鐵圍成矩形，碑文上書寫：「故臺中縣巡查內山義壽君之墓、故臺中縣巡查阿比留二郎君之墓」。

民國三十六年鹿港神社舊址改建為鹿港初級中學校舍時，將此座石碑磨平，改刻「臺中縣彰化區鹿港初級中學校舍新建碑記」，此碑現立於鹿港國中校園內。